时间倒转二十年前，开启恶梦的那年。
「那遥远历史，那血红的天空，那喷火的大地，那沸腾的海水，就是灭世的徵兆啊！」古代遗迹神秘诗人着。
二十年前，旧北极海底下，新欧洲联盟考古专用潜水艇小队，驾驶着「巨鲸号潜艇」正在旧北极海域侦查。
「巨鲸号潜艇」是武装用潜艇，可以切换成陆地行驶模式，并且有短暂漂浮能力，是为了预防忽然落地的安全机制，可以容纳三百人，并且可以收纳两架机神规模的空间，是莫郎尼多拉先生，莫郎莉莉nV士博士夫妻，跟军方透过关系买到的潜艇，然後又重新花费资金改装，一切都是为了探查神秘海域超古代文明遗迹。
为了心中伟大的考古梦想，莫郎尼多拉夫妻已经耗掉人生所有美好岁月和金钱，甚至负债累累。
虽然自从新人类时代开启宇宙时代，海底的挖掘和研究就被冷落了，但事实上还是有值得研究和挖掘的价值。
根据地球科学家的研究，地球约有四十六亿年到五十亿年的生命。
「宇宙纪年前五十年」，地球生命说，曾经是一门非常热门的研究话题，尤其是因为南北极溶化之後，地球产生可怕的温室效应，除了冰河时代的降临，
更有许多可怕的天灾异变，虽然人类早有预防，但还是冰河时代的浩劫，造成地球约三分之二的生命消失，历史称为「末世录的降临！」
在那个时期，人类耗尽所有国家资源，打造十艘「方舟级宇宙殖民战舰」，十艘「方舟级超级潜水战舰」，分为宇宙和地球两种避难路线，这是为了避免人类不要把宝押在同一篮子心态。
每艘方舟战舰级可以容纳三万人，里面拥有可以自给自足生态环境。
所谓大灾难之後，必有大革新的新时代，重生的地球，原本埋藏於地球深处的超古代文明一一浮现，这些超古代文明，再旧人类的历史曾经出现过数度，
其中以「亚特兰提斯」超文明最有名气，人类从这些遗迹意外发现出许多新科技，为往後的宇宙殖民时代开启首部曲。
至於往宇宙出发的「方舟级宇宙殖民战舰」则在火星、月球殖民区，也因为陆续挖掘出外星遗迹文明，也慢慢发展自己独特的文化，甚至有了认同自己是属於宇宙公民的论点，开始和地球居住的人类有了隔阂，幸亏宇宙殖民区大议长「茱莉安」，宇宙历史评价非常高的伟人，他提出和平竞争分享政策，地球圈和宇宙殖民区，才没有发生可怕的战争冲突，这些都在「宇宙二十年至八十年」的事情了。
「嘟嘟～已到达神秘区域，请大家小心。」巨鲸号潜艇系统电脑核心，发出声音紧告大家。
自从超古代遗迹「亚特兰提斯」出现之後，旧北极区域几乎都被探查完毕了，然而莫郎尼多拉夫妻却因为特过一位神秘博士指导，发明一项特别的侦查仪器，据说可以侦查异空间的仪器，但由於没有公开过的实验数据，许多科学家质疑这是莫郎尼多拉夫妻为了争取「新欧洲联盟」经费所说的谎言。
「终於有所发现了，希望这次不要又是空欢喜一场。」莫郎尼多拉先生又惊又喜的说。
欢喜又失望，又失望在又欢喜，一直重复这样可悲的宿命，莫郎尼多拉虽然才四十几岁，但已经因为忧愁导致秃头了。
「老公这次我有很好的预兆，一定可以成功，相信那位博士，不可能会骗我们的？」莫郎莉莉nV士抱着莫郎尼多拉，露出非常坚定的眼光说。
莫郎莉莉nV士是非常乐观有正义感的nV人，他相信他们夫妻挖掘的超古代文明，一定能帮这世界带来更美好的未来。
这时主舰中心，萤幕开始有巨大海底生物出现，有些甚至b巨鲸号潜艇更大，自从温室效应导致「新冰河时期」提前来到，地球海底磁场也产生巨大异变，以前只会在深海出现的巨大海洋生物，都开始在海面上活动，导致海洋变的b以前可怕，一般平民不太敢接近大海，更别说从事渔业活动，只能依赖军方的补助帮忙，或者食用全新开发的基因粮食，所以渔获食品，除了有钱人，
一般平民很难吃的到。
「将声波防御系统开到最大。」莫郎尼多拉对着电脑系统说，莫郎尼多拉除了是文化研究员，也有受过舰长的执照测验，所以也是巨鲸号潜艇的舰长。
当你长期从事这麽危险的研究工作，你就会知道，不把一切都控制在自己手里，是非常危险的事情。